Лынтупы известны с 1459 года, когда виленский воевода Андрей Довгирдович построил здесь деревянный костёл святого Андрея.

В середине XVI века в Ошмянском повете. Владельцами земель были Бучинские, Островские, Гильзены.

С 1795 года в составе Российской империи, местечко, центр волости Свенцянского уезда. В 1854—1939 принадлежали Бишевским.

В 1921—1939 годах в составе Польши, в Свенцянском повете.

С 1939 года в составе БССР, деревня в Поставском районе.

В конце 1943 года, Герой Советского Союза Анна Ивановна Масловская, одевшись в крестьянскую одежду, по заданию командира партизанского отряда имени Пархоменко партизанской бригады имени Ворошилова, направилась в местечко Лынтупы для переговоров с начальником вражеского гарнизона полковником Антонайтисом. Переговоры завершились успешно и Антонайтис согласился оказывать помощь партизанам. На следующий день он передал через неё несколько винтовок и патроны[3].

С 1967 — городской поселок.